A Asemblea Xeral, formada por todos os representantes ou delegados das empresas asociadas, é o órgano máximo de organización. Na sección Estatutos defínense as principais características de funcionamento deste órgano.
A Xunta Directiva é a encargada da dirección e análise das liñas xerais de actuación a desenvolver por EGANET entre asembleas. Analiza e garante a posta en práctica das liñas xerais de actuación ordenadas pola asemblea xeral ordinaria ou extraordinaria. A Xunta Directiva dirixe e garante o funcionamento cotián da asociación.
A actual Xunta Directiva, elixida na Asemblea Ordinaria do 28 de marzo de 2012, está formada por:
D. Víctor López (AVA Soluciones Tecnológicas)
D. Alejandro Lamas (Sixtema)
Dña. Ana Búa (Iterdata)
D. Rafael Villaverde (Infonet)
Dña. Mónica Moure (Ceo Aberto)
D. Xulio César González (Teaxul)
Dna. Luz Castro (Imaxin Software)