A Asemblea Xeral, formada por todos os representantes ou delegados das empresas asociadas, é o órgano máximo de organización. Na sección Estatutos defínense as principais características de funcionamento deste órgano.
A Xunta Directiva é a encargada da dirección e análise das liñas xerais de actuación a desenvolver por EGANET entre asembleas. Analiza e garante a posta en práctica das liñas xerais de actuación ordenadas pola asemblea xeral ordinaria ou extraordinaria. A Xunta Directiva dirixe e garante o funcionamento cotián da asociación.
A actual Xunta Directiva, elixida na Asemblea Ordinaria do 28 de marzo de 2012, está formada por:
D. Víctor López (AVA Soluciones Tecnológicas)
Dña. Ana Búa (Iterdata)
Dña. Mónica Moure (Ceo Aberto)
D. Xulio César González (Teaxul)
Dna. Luz Castro (Imaxin Software)